Tüm kalite yönetim sistemi, iç denetime tabi tutulmalıdır. İç denetimde dokümanlar, uygulama ve standart ile karşılaştırılır. Böylelikle prosedürlerin dokümanlarda (SÇP'ler, Kalite El Kitabı, Biyogüvenlik Kılavuzu) belirtildiği şekilde yürütülüp yürütülmediği ve dokümanlarda tanımlanan prosedürlerin bu prosedürleri uygulamaya geçirmede başvurulabilecek en iyi yöntem ile uyumlu olup olmadığı kontrol edilir. Bu kontroller sırasında ISO 15189 standardına uyum da izlenir. DSÖ Laboratuvar Kalite Yönetim Sistemi (LKYS) el kitabında denetlemeye ilişkin artalan bilgisine yer verilmiştir (bkz. sağ sütun).

ISO 15189, kalite yönetim sisteminin temel esaslarının her 12 ayda bir denetlenmesini şart koşar. Tetkik yöntemlerinin de aynı sıklıkta denetlenmesi önerilir.

3. aşamada iç denetim sistemi oluşturulacaktır. İlk adım eğitimdir: İç denetim, sertifikalı İç Denetçiler tarafından yapılmalıdır. Laboratuvarda ihtiyaç duyulan İç Denetçi sayısı laboratuvarın büyüklüğüne bağlı olarak değişir ve laboratuvar yöneticisi tarafından tahmini bir sayı belirlenmelidir. İç Denetçi olarak atanan personel sayısı, İç Denetçilere çok fazla iş yüklenmeyecek ve kabul edilemeyecek düzeyde iş stresi yaratmayacak şekilde her 12 ayda bir tüm kalite yönetim sistemini ve tetkik yöntemlerini denetleyebilecek yeterlilikte olmalıdır. Kalite Sorumlusu'nun ve bir başka personelin daha eğitim almasının sağlanması şarttır. Böylelikle Kalite Sorumlusu ve eğitim alan diğer personel üyesi bir kişinin görüşme yaptığı diğerinin ise söylenenleri kaydettiği bir denetim ekibi oluşturabilir. Özellikle başlangıçta tek bir personel üyesinin hem görüşme yapıp hem de not alması zordur. Bir kişinin iş değiştirmesi yahut başka bir sebeple müsait olmaması halinde yedekte bir personel üyesinin mevcut olması amacıyla en az 3 İç Denetçi bulunması daha uygun olacaktır.