Bu aşamada, ekipmanın kullanımı ve bakımına ilişkin yeni prosedürler geliştirilmiştir ve bunların her ekipmana özgü SÇP'de açıklanması gerekmektedir. Kalibrasyon ve bakım prosedürünü buna örnek olarak verebiliriz. Bu prosedür her ekipmana özel olarak hazırlanır ve dolayısıyla bu prosedürün her ekipmana özgü Ekipman SÇP'sine eklenmesi gerekmektedir.

2. aşamada doküman kontrol sistemi kurulacaktır. Bu sistem, laboratuvarın tüm SÇP'lerinin incelenmesini ve gerekli durumlarda her yıl revize edilmesini sağlar. Ekipman SÇP'lerini okuyun ve hangi SÇP'lerin 2. aşamada geliştirilen prosedürler doğrultusunda değiştirileceğini belirleyin. Bu prosedürleri bir Doküman Revizyon Formu'na (bu aşamanın önceki adımlarında geliştirilmişti) yazın ve bunu her SÇP'nin baş kısmına ekleyin. Böylelikle her SÇP'nin yazarı, SÇP'yi inceleyip revize etmesi gerektiğinde neleri düzenleyeceğini bilebilir.