Durant cette phase, plusieurs nouvelles procédures pour l'utilisation et la maintenance de l'équipement ont été élaborées et elles doivent être décrites dans les POS spécifiques à chaque unité d'équipement. Il s'agit par exemple de la procédure d'étalonnage et de maintenance. Cette procédure est très spécifique pour chaque unité d'équipement et doit donc être ajoutée à la POS spécifique à chaque unité d'équipement.

En phase 2, le système de contrôle des documents sera instauré. Ce système garantit que toutes les POS du laboratoire sont examinées et, si nécessaire, révisées annuellement. Passer en revue les POS relatives à l'équipement et identifier celles qui doivent être modifiées pour y inclure les procédures élaborées en phase 2. Signaler ces procédures sur un formulaire de révision de document (élaboré précédemment au cours de cette phase) et le placer au début de chaque POS. De cette manière, l'auteur de chaque POS sait ce qu'il doit adapter au moment où il examine et révise la POS.