Vérifier la mise en œuvre complète du système de gestion de la qualité et sa conformité avec la norme ISO 15189. Comme les auditeurs internes et le responsable qualité peuvent avoir laissé subsister des zones d'ombre (ils sont habitués aux dispositions habituelles et peuvent ne pas avoir perçu des non-conformités spécifiques dans le système), il est préférable de faire auditer le laboratoire par des personnes qui porteront un regard neuf sur le système. C'est pourquoi, il faut organiser un audit externe. Les auditeurs externes doivent auditer le laboratoire comme s'ils devaient décider s'il peut ou non obtenir l'accréditation. Faire appel à un (des) auditeur(s) externe(s) expérimenté(s).

Cette activité permet de réduire autant que possible les non-conformités dans le système avant de faire une demande d'accréditation et accroîtra les chances de succès lors de l'audit externe final par l'organisme d'accréditation. L'organisation d'un simulacre d'audit est en effet moins chère que plusieurs demandes d'accréditation infructueuses.