Une partie essentielle de la gestion de la qualité est la standardisation de toutes les procédures appliquées en routine dans le laboratoire. Une partie essentielle de la standardisation consiste à consigner les procédures appliquées en routine dans des procédures opératoires standardisées (POS) et à s'assurer que ces POS sont toujours respectées par tous.

En phase 2, l'ensemble du processus primaire sera standardisé. La phase 1 est centrée sur la rédaction de POS pour l'utilisation de l'équipement et pour l'ensemble des examens réalisés dans le laboratoire.