En esta fase se han creado varios procedimientos nuevos sobre el uso y mantenimiento de los equipos que se deberían describir en los POE de cada parte concreta de los equipos. Un ejemplo es el procedimiento para la calibración y mantenimiento. Este procedimiento es sumamente específico de cada parte concreta de los equipos y se debería, por lo tanto, añadir al POE de equipos específico de cada parte de los equipos.

En la fase 2, se establecerá el sistema de control de la documentación. Este sistema asegura que todos los POE del laboratorio se repasen periódicamente y, si fuese necesario, se revisen anualmente. Lea los POE de equipos y compruebe qué POE se tienen que modificar con los procedimientos que se han elaborado en la fase 2. Redacte estos procedimientos en un formulario de revisión de documento (generado previamente en esta fase) y colóquelo al frente de cada POE. De esta forma el autor de cada POE sabe qué debe adaptar cuando tenga que repasar y revisar el POE.